Oligonucleotide Arrays from Aldehyde-Bearing Glass with Coated Background

Abstract

Presented here is a method for preparing small DNA arra­ys on aldehyde-bearing glass slides. Immobilization involves reductive amination and employs oligonucleotides with 3′-terminal lysine residues, obtained in high yield from solid phase syntheses. Spot patterns are produced by protecting selected areas of the aldehyde slides with wax, coating the free surface with a methyl triethylene glycol derivative, and removing the wax with dichloromethane. The DNA arrays give better signal to noise ratios in hybridization experiments than slides without passified background.

Key words

oligonucleotides - Schiff bases - solid phase synthesis - DNA - molecular recognition

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Developed at the U.S. National Institutes of Health and available on the internet via http://rsb.info.nih.gov/nih-image/.