Common and well-documented Allele List: unverzichtbares Hilfsmittel für die moderne HLA-Typisierung

Zusammenfassung

Die Typisierung der humanen Leukozytenantigene (HLA) vor Organ- und hämatopoetischer Stammzelltransplantation zur Beurteilung der Kompatibilität von Spender und Empfänger wird heutzutage in der Regel molekulargenetisch mittels Amplifikation, Hybridisierung oder Sequenzierung durchgeführt. Durch die exponentiell steigende Anzahl an neu entdeckten HLA-Allelen treten vermehrt Mehrdeutigkeiten, sogenannte Ambiguitäten, in der HLA-Typisierung auf, die aufgelöst werden müssen, um zu einem eindeutigen Ergebnis zu gelangen. Mithilfe kategorisierter Allelfrequenzen (häufig, gut dokumentiert und selten) in Form von CWD-Allellisten (CWD: common and well-documented) ist die In-silico-Auflösung von Ambiguitäten durch den Ausschluss seltener Allele als mögliches Ergebnis realisierbar. Ausgehend von einer amerikanischen CWD-Liste existieren derzeit auch eine europäische, deutsche und chinesische CWD-Liste, die jeweils regionale Unterschiede in den Allelfrequenzen erkennbar werden lassen. Durch die Anwendung von CWD-Allelfiltern in der klinischen HLA-Typisierung können Zeit, Kosten und Arbeitskraft eingespart werden.

Abstract

Nowadays the compatibility between donor and recipient of a solid organ or hematopoietic stem cell transplant is determined by molecular typing of the human leukocyte antigen (HLA) complex by means of amplification, hybridization or sequencing. The number of known HLA alleles is constantly and exponentially growing resulting in HLA typing ambiguities, which need to be resolved. Knowing the allele frequency categorized in common, well-documented and rare as achieved in the common and well-documented (CWD) allele lists may help in the in-silico resolution of ambiguities by the exclusion of rare allele pairs. The initial CWD list based mainly on the American population is nowadays accompanied by a European, German and Chinese CWD list representing regional differences in the HLA allele frequency. The application of CWD allele lists to resolve ambiguities helps to economize on time, costs and labor in daily routine.

Schlüsselwörter

HLA-Typisierung - Ambiguität - Allelfrequenz - common and well-documented Allele

Key words

HLA typing - ambiguity - allele frequency - common and well-documented allele

• Literatur

• 1 Klitz W, Hedrick P, Louis EJ. et al. New reservoirs of HLA alleles: pools of rare variants enhance immune defense. Trends Genet 2012; 28: 480-486
• 2 Robinson J, Halliwell JA, Hayhurst JD. et al. The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases. Nucleic Acid Res 2015; 43: D423-D431
• 3 Voorter CEM, Mulkers E, Liebelt P. et al. Reanalysis of sequence-based HLA-A, -B and -Cw typings: how ambiguous is todayʼs SBT typing tomorrow. Tissue Antigens 2007; 70: 383-389
• 4 Cano P, Klitz W, Mack SJ. et al. Common and well-documented HLA alleles: report of the Ad-Hoc committee of the american society for histocompatiblity and immunogenetics. Hum Immunol 2007; 68: 392-417
• 5 Mack SJ, Cano P, Hollenbach JA. et al. Common and well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue. Tissue Antigens 2012; 81: 194-203
• 6 Sanchez-Mazas A, Nunes JM, Middelton D. et al. Common and well-documented HLA alleles over all of Europe and within European sub-regions: A catalogue from the European Federation for Immunogenetics. HLA 2017; 89: 104-113
• 7 Eberhard HP, Schmidt AH, Mytilineos J. et al. Common and well-documented HLA alleles of German stem cell donors by haplotype frequency estimation. HLA 2018; 92: 206-214
• 8 He Y, Li J, Mao W. et al. HLA common and well-documented alleles in China. HLA 2018; 92: 199-205