Die PET/CT spielt v. a. in der Tumordiagnostik eine große Rolle, trotz des geringeren Weichgewebekontrasts und der höheren Strahlenbelastung im Vergleich zur PET/MRT. Erste Vergleichsstudien zeigen zwar die gute diagnostische Leistung der PET/MRT z. B. bei Prostata- oder Mammakarzinomen, doch die hohen Kosten und die technischen Anforderungen haben bisher eine breitflächige Übernahme in die klinische Praxis verhindert.
