CellMinerHCC: Eine microarraybasierte Expressionsdatenbank für HCC Zelllinien

In vitro Zellkultur Experimente bieten die Möglichkeit komplexe genetische Mechanismen der Entstehung des Hepatozellulären Karzinoms zu modellieren. Gleichzeitig wurde jedoch vielfach ein unterschiedliches Ansprechen verschiedener Zelllinien auf medikamentöse Behandlungen oder gezielte Manipulation der zellulären Genexpression beschrieben. Ursächlich wurde diesbezüglich wiederholt ein unterschiedlicher genetischer Background und damit verbunden ein unterschiedliches Genexpressionsprofil der einzelnen Zelllinien angeschuldigt. Somit ist die Kenntnis über die unterschiedlichen Genexpressionsprofile der jeweiligen Zelllinien essentiell.

Aus diesem Grund haben wir eine frei zugängliche Datenbank mit Microarrayexpressionsprofilen von HCC Zelllinien generiert. Insgesamt hält die CellMinerHCC Datenbank genomweite Expressiosprofile von 18 unterschiedlichen Zelllinien vor. Damit ermöglicht diese Datenbank ermöglicht nun zum einen die Evaluation von Expressionsprofilen einzelner Zelllinien als auch einen relativen Vergleich der Expressionsmuster der Zelllinien untereinander. Diese Evaluation der zelllinienspezifischen Expressionsprofile und Unterschiede wird über eine internetbasierte Suchmaske unterstützt und einfach zugänglich gemacht.

Somit bietet die Datenbank in Zukunft die Möglichkeit in vitro Experimente zur Entstehung des HCC gezielt unter Einbeziehung des genetischen Backgrounds der jeweiligen Zelllinie zu planen und wird daher in Zukunft von erheblichem Wert hinsichtlich der in vitro Modellierung der Entstehung des HCC sein.

Genetik - HCC - System Biologie