HLA-Polymorphismen – Mehr Sicherheit in der Typisierung

Die Typisierung des humanen Leukozytenantigensystems (HLA) auf Allellevel ist u. a. bei der hämatopoetischen Stammzelltransplantation von großer Bedeutung. Doch die zahlreichen Polymorphismen der HLA-Klasse-I- und -II-Antigene erschweren die korrekte Sequenzierung und Typisierung. In einer Doppelblindstudie untersuchten C. L. Holcomb et al. die Zuverlässigkeit einer neuen Genomsequenzierungstechnik kombiniert mit einer spezifischen Software.
Tissue Antigens 2011; 77: 206–217

Das System "454 Life Sciences Genome Sequencer" (GS FLX, Roche) kombiniert mit der Software "Conexio ATF" soll eine rasche hochauflösende HLA-Genotypisierung möglich machen. Dabei werden für eine hohe Durchsatzgeschwindigkeit Primer mit Multiplex-Identifier(MID)-Markierungen verwendet. Sie ermöglichen es, die amplifizierten Gensequenzen verschiedener Individuen bereits vor der Sequenzierung zusammenzufassen.

In der Studie untersuchten 8 Labore weltweit doppelt verblindet 20 Proben. Analysiert wurden in einem Durchgang die Polymorphismen von HLA-A, -B, -C, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3, DRB4 and DRB5 (DRB3/4/5) mit der GS-FLX-Methode mit Standardchemie. Die mittlere Länge der Ablesungen betrug 250 Basenpaare, die mittlere Zahl abgelesener Sequenzen pro Amplikon lag bei 672.