Mutationssignaturen korrelieren mit häufigen Risikofaktoren und mit dem Überleben von Kopf-Hals-Tumor-Patienten

Einleitung:

Genomische Veränderungen sind im mehrstufigem Prozess des Kopf-Hals-Tumors (HNC) wichtig und resultieren aus der Interaktion von Umwelteinflüssen und endogenen zellulären Prozessen. Jeder Prozess hinterlässt ein charakteristisches Muster an Mutationen auf dem Tumorgenom. Das Ziel ist es, spezifische Signaturen von Mutationsprozessen, die während der HNC-Pathogenese wirksam sind, zu entschlüsseln und die prognostische Relevanz zu evaluieren.

Methoden:

Es wurden vollständige Exomsequenzierungsdaten mit primären Tumorproben von HNC-Patienten (n = 83) generiert und somatische Mutationssignaturen durch einen systematischen Berechnungsansatz erkannt. Mithilfe der Hauptkomponentenanalyse (PCA) wurden unterschiedliche Patientenuntergruppen identifiziert. Die Berechnung der Überlebensunterschiede erfolgte durch uni- und multivariate Analysen. Die Daten wurden mit öffentlich verfügbaren Daten aus der TCGA-HNC-Kohorte bestätigt.

Ergebnisse:

Die Analyse der globalen Exomsequenzierungsdaten ergab fünf prominente Mutationssignaturen, die deutliche Beziehungen zu den wichtigsten ätiologischen Risikofaktoren (Tabak, Alkohol und HPV) aufwiesen. Diese Mutationssignaturen waren auch im Datensatz von TCGA-HNC am häufigsten vertreten. Die PCA-Analyse zeigte vier Patientenuntergruppen mit statistisch signifikanten Unterschieden in klinischen und pathologischen Merkmalen sowie im Überleben in beiden Kohorten.

Schlussfolgerung:

Diese Studie liefert einen Proof-of-Concept, dass die rechnerische Analyse von somatischen Mutationssignaturen nicht nur ein leistungsfähiges Werkzeug zur Entschlüsselung von Umwelt- und intrinsischen Prozessen in der Pathogenese von HNC ist, sondern auch, dass es den Weg zu zuverlässigen prognostischen Mustern ebnen könnte.

Publication History

Publication Date:
18 April 2018 (online)