Detektion Tumor-spezifischer Genetischer Aberrationen in Liquid Biopsies von Patienten mit HPV-assoziierten Oropharynxkarzinomen

Einleitung:

Eine HPV-Infektion ist neben Tabak und Alkohol als wichtigster Risikofaktor für die Entstehung von Oropharynxkarzinomen (OPSCC) anerkannt. Obwohl HPV-assoziierte OPSCC eine günstigere Prognose aufweisen und sich in ihren klinischen und biologischen Charakteristika von HPV-negativen OPSCC unterscheiden, werden beide Entitäten gleich behandelt. Ziel des Projektes ist die Identifikation und Detektion genetischer Aberrationen, die mit einem ungünstigen Krankheitsverlauf in HPV-positiven OPSCC assoziiert sind.

Methoden:

Es wurde ein HPV-spezifisches Panel für ein targeted Next Generation Sequencing (tNGS) zusammengestellt (Regionen von 24 Gene). DNA aus HPV-assoziierten Primärtumoren (n = 26) und sequentiellen Plasmaproben wurde sequenziert. HPV-DNA in zell-freier DNA (cfDNA) wurde mittels qPCR analysiert. Chromosomale Aberrationen wurden mittels SNP-Array bestimmt.

Ergebnisse:

Tumor-spezifische Mutationen und HPV-DNA können in cfDNA prätherapeutisch detektiert werden; posttherapeutisch nimmt deren Anteil, korrelierend zum Behandlungsverlauf, ab. Auf unserem limitierten tNGS HPV-Panel, haben Patienten mit einem ungünstigen Krankheitsverlauf im Schnitt 2,4-mal mehr Mutationen akkumuliert als solche mit günstigem Verlauf. Chromosomale Aberrationen wurden bisher nur bei Patienten mit ungünstigem Verlauf untersucht. Einige Regionen (z.B. Verlust von CYLD auf 16q12) scheinen hier aber gehäuft aufzutreten.

Schlussfolgerung:

Patienten mit HPV-assoziierten OPSCC und ungünstigem Verlauf weisen mehr genetische Aberrationen auf als solche mit günstigem Verlauf. Auswirkungen der Aberrationen werden im Weiteren bioinformatisch analysiert. HPV-DNA und tumor-spezifische Mutationen konnten prä-, aber nicht posttherapeutisch in cfDNA detektiert werden.

Publikationsverlauf

Publikationsdatum:
18. April 2018 (online)