Oxford Nanopore Sequenzierung zur Bestimmung des Endometrium-Mikrobioms

Fragestellung: Kann mittels long-read rRNA Nanopore Sequenzierung das Mikrobiom des Endometriums bestimmt werden?

Methodik: Zur Etablierung der Technik wurden verschiedene bakterielle Standards sequenziert um die Verlässlichkeit der Technik zu überprüfen. Im Anschluss wurden 33 Pipellenproben von Patientinnen mit wiederholtem Implantationsversagen analysiert. Die Proben wurden mit long-read 16S rRNA Nanopore Sequenzierung analysiert und von externen Labors mit konventioneller short-read 16S rRNA Sequenzierung verglichen.

Ergebnisse: 21 von 33 Proben konnten mit der neuen long-read Technik sequenziert werden. Bei 12 Proben konnte keine suffiziente PCR Amplifizierung durchgeführt werden. Von den 21 sequenzierten Proben zeigten 15 (71,4%) eine Laktobazillen Dominanz. Im Vergleich mit konventioneller short-read Sequenzierung konnten insgesamt mehr Samples mit der neuen long-read Sequenzierung analysiert werden. Im Vergleich der beiden Methoden zeigte sich eine sehr hohe Übereinstimmung der neuen mit der konventionellen Sequenzierung.

Schlussfolgerung: Mittels Oxford Nanopore Sequenzierung kann schnell, kostengünstig und zuverlässig das Endometrium-Mikrobiom analysiert werden. Somit kann bei etwa ⅓ der Patientinnen mit wiederholtem Implantationsversagen eine Dysbiose oder pathogene Besiedelung nachgewiesen werden.

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Article published online:
02 June 2020