Tumor-exklusive Peptide von gemeinsamen und individuellen Antigenen im HLA-Ligandom von oropharyngealen Plattenepithelkarzinomen

Einleitung Tumor Antigene werden dem Immunsystem über Humane Leukozyten Antigene (HLA) präsentiert. Das HLA-Ligandom oropharyngealer Plattenepithelkarzinome (OPSCC) wurde bisher nicht charakterisiert. Material und Methoden: OPSCC Biopsien von 40 Patienten und Tonsillengewebe 5 gesunder Spender wurden analysiert. HLA-Moleküle wurden aus frisch gefrorenen Biopsien extrahiert, die HLA-Liganden mit Hilfe von Hochleistungsflüssigkeitschromatographie isoliert und mittels Tandem Massenspektrometrie (MS/MS) ausgewertet. Tumor-exklusive Peptide (TEP) wurden durch Vergleich mit dem Ligandom gesunder Tonsillengewebe und einer HLA-Ligandom Datenbank gut- / bösartiger Gewebe identifiziert. RNA- und DNA Sequenzierungen wurden zusätzlich durchgeführt.

Ergebnisse OPSCC wurden mittels RNA-seq Daten in HPV+ (n=22) oder HPV- (n=18) klassifiziert. Es wurden 25228 HLA Klasse I präsentierte Peptide aus 9485 Quellproteinen und 15203 HLA Klasse II präsentierte Peptide aus 4634 Quellproteinen detektiert. Peptide der Cancer-Testis Antigene IMP3, KDM5B, CTNNA2 und ATAD2 wurden bei = 30 %  der Patienten gefunden. Insgesamt wurden 3746 HLA Klasse I TEP und 5096 HLA Klasse II TEP identifiziert. Einige TEP wurden ausschließlich in HPV+ oder HPV- gefunden, während andere sowohl in HPV+ als auch in HPV- detektiert wurden.

Schlussfolgerung Das HLA-Ligandom von OPSCC enthält sowohl gemeinsame als auch individuelle TEP und unterscheidet sich abhängig vom HPV-Status. Auf Basis dieser Ergebnisse könnte die Entwicklung semi-personalisierter oder personalisierter Tumorimpfungen erfolgen.

Poster-PDF A-1495.pdf

DFG (GRK-2254), Universität Ulm (Clinician Scientist Programme)

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Article published online:
13 May 2021