Korrelation von HPV16 Genstatus und Genexpression in OPSCC

Einleitung: Das humane Papillomavirus 16 (HPV16) kann oropharyngeale Plattenepithelkarzinome (OPSCC) verursachen. Um die virale Genexpression in primärem Krebsgewebe zu bewerten, analysierten wir die Korrelation zwischen viraler genomischer und transkriptomischer Genexpression.

Material und Methoden: DNA und RNA wurde von 27 p16-positiven OPSCC-Fällen aus FFPE Material isoliert. Wir haben einen qPCR-Assay für jedes der HPV16-Gene entwickelt, um separat HPV16 DNA- und RNA Gene zu quantifizieren. Unsere zusätzliche OPSCC-Kohorte mit RNA-Sequenzierungsdaten wurde verwendet, das HPV16-Genom mithilfe der ViGen-Pipeline zu detektieren.

Ergebnisse: Die Mengen an HPV16-Genen wurden unter Verwendung des qPCR-Assays auf DNA- und RNA-Ebene korreliert und konnten in der RNA-Sequenzierungskohorte bestätigt werden. Eine RNA-Co-Expression aller Gene wurde in 37 %  der qPCR- bzw. >60 %  der RNA-Sequenzierungs-Kohorte nachgewiesen.

Schlussfolgerung: Wir beschreiben einen HPV16-qPCR-Assay zur Quantifizierung der genomischen und transkriptomischen Expression von HPV16-Genen in OPSCC-Tumoren. Die Ergebnisse wurden in einer separaten Kohorte mit RNA-Sequenzierung bestätigt. Die qPCR bietet ein günstiges und attraktives Instrument zur HPV16 Bestimmung in HNSCC. Die Koexpression aller HPV16-Gene bei einer beträchtlichen Anzahl von Patienten ist zudem von klinischer Relevanz, da dies zu einer möglichen Virusübertragung zwischen Partnern führen kann.

Adrian v. Witzleben (StipendiumDFG # WI 5255/1-1:1), OW (Cancer Research UK Centre’s Network Accelerator Award Grant (A21998), SL (DFG Forschungstrainingsgruppe (GRK-2254). EC, LC and CHO (Southampton Hospitals charity donations), RNA-sequencing (Transgene).

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Article published online:
13 May 2021