Ein unterschätzter Schatz in Paraffin – Etablierung einer globalen Transkriptomanalyse an kaninen Tumoren aus FFPE-Material basierend auf der QuantSeq 3‘-Technologie

Einleitung Tierpathologische Archive stellen – auch im Sinne der 3R – einen unschätzbaren Wert dar. Trotz der bekannten Degradierung von RNA in diesem Material versprechen neue Techniken, diese für Transkriptomanalysen (RNA-Seq) zugänglich zu machen.

Material und Methoden Aus 42 FFPE-Proben 5 verschiedener Hundetumorarten nach bis zu 11 Jahren Lagerung wurde RNA isoliert. Mithilfe des QuantSeq 3‘-Systems (Lexogen) wurden Libraries erstellt und sequenziert. Sowohl die isolierte RNA als auch die Ergebnisse der RNA-Seq wurden verschiedenen Qualitätskontrollen unterzogen.

Befunde Über 80% der RNA-Isolate genügten den von Illumina angegeben Qualitätsanforderungen und konnten für die Library-Präparation genutzt werden. Die sequenzierten biologischen Replikate wiesen eine sehr hohe Korrelation auf und der Anteil der eindeutig zugeordneten Lesevorgänge lag stets bei > 81%. Bekannte Markergene für die jeweiligen Tumoren konnten in den Sequenzdaten nachgewiesen und durch normalisierte Lesevorgänge quantifiziert werden.

Schlussfolgerung Die Daten zeigen, dass die angewendeten Techniken geeignet sind, genügend geeignete RNA aus FFPE-Material zu isolieren und aus dieser belastbare Sequenzierungsergebnisse zu generieren. Systematische Transkriptomanalysen aus Archivproben rücken näher.

Publikationsverlauf

Artikel online veröffentlicht:
22. Juni 2021