Unter Hygiene in der Endoskopie werden alle Qualitätssicherungsmaßnahmen zusammengefasst, die sicherstellen, dass einem gesunden Menschen, der sich einer Vorsorge-Koloskopie unterzieht, keine infektiösen Risiken widerfahren, die ihn krank machen könnten. Ebenso darf ein Patient, bei dem eine diagnostische oder therapeutische Endoskopie erforderlich ist, nicht zusätzlich gesundheitlichen Risiken durch unzureichende Hygiene ausgesetzt sein.