Bei der Achalasie könnten genetisch vermittelte Autoimmunprozesse auf myenterische Neuronen der Speiseröhre abzielen. US-amerikanische Wissenschaftler*innen vermuten, dass Achalasie durch eine Form der eosinophilen Ösophagitis (EoE) verursacht wird, bei der aktivierte Eosinophile und/oder Mastzellen, die in die Speiseröhrenmuskulatur eindringen, Produkte freisetzen, die die Motilität stören und myenterische Nervenzellen schädigen.