Aktive Surveillance Carpapenemase-produzierender Enterobacterales

Die Ganzgenomsequenzierung mittels Illumina platform (San Diego, USA) als Goldstandard wird in Deutschland noch recht selten zur routinemäßigen Ausbruchsanalyse eingesetzt, da neben den erforderlichen Geräten zur Analyse meist auch kein Bioinformatiker zur Aufarbeitung der Daten zur Verfügung steht. Die Studie um Lee et al. beschreibt den Einsatz der Analysetechnik in Kombination mit AMRfinder – einem Werkzeug, das die Suche nach Resistenzgenen, einschließlich erworbener Gene und Punktmutationen auf Protein- und Nukleotidsequenzebene in einer extensiven Datenbank ermöglicht. Das Werkzeug kann so ohne umfangreiche Programmierkenntnisse zur Auswertung der Ergebnisse einer Ganzgenom-Sequenzierung eingesetzt werden.

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Article published online:
13 August 2024