Im Gegensatz zu reifen, gesunden Neugeborenen sind Frühgeborene oft medizinischen Maßnahmen ausgesetzt, die der Entwicklung eines physiologischen enteralen Mikrobioms entgegenstehen. Eine Fehlbesiedelung kann Ernährungs- und Gedeihstörungen und spätere Immundefekte zur Folge haben. Besonders problematisch ist die Kolonisation mit pathogenen und multiresistenten Keimen (MDRO: multidrug-resistent organisms), die lebensbedrohlich werden können.