Massenspektrometrischer Vergleich HPV+ und HPV- HNSCC Tumoren und Zelllinien

Ziel & Methoden:

Zur Identifikation von Proteinen mit unterschiedlichem Expressionsmuster in HPV+ und HPV- HNSCC in einem offenen, nicht voreingenommenen experimentellen Ansatz wurden entsprechende OPSCC mit ähnlichen Charakteristika sowie HPV+ und HPV- HNSCC Zelllinien massenspektrometrisch verglichen.

Ergebnisse:

Insgesamt konnten aus Tumorgewebe 2051 und aus Zelllinien 3262 Proteine identifiziert werden. Wie erwartet wurde der HPV-Surrogatmarker p16 entweder ausschließlich (Tumoren) oder mit weit höherer Expression (Zelllinien) in HPV+ Proben nachgewiesen. Eine Random Forest Analyse identifizierte 24 im Tumorgewebe unterschiedlich exprimierte Proteine. Die Hälfte davon kann 3 funktionellen Gruppen zugeordnet werden: 1) Regulatoren des Zytoskeletts, 2) Replikative Helikasen und 3) Proteine der Kernmembran und Lamina. Zudem wurde eine Komponente mehrerer Chromatin-Remodeling-Komplexe und vorgeschlagener Faktor erhöhter Strahlensensitivität auf höherem Level in HPV+ HNSCC detektiert. Erwähnenswert ist zudem, dass nur 2 der 24 identifizierten Proteine in HPV- Tumoren erhöht vorlagen. Vorläufige Analysen des Zelllinienvergleichs bestätigen einige der o.g. Ergebnisse zeigen z.T. jedoch auch klare Divergenzen (z.B. gleiche Expression der replikative Helikasen).

Schlussfolgerungen:

Es konnten mehrere Unterschiede zwischen HPV+ und HPV- HNSCC identifiziert werden, von denen einige bezüglich ihrer möglichen mechanistischen Rolle oder translationaler Relevanz, z.B. als prognostische oder prädiktive Marker mittels in-vitro- und TMA-Analysen weiter untersucht werden. Auch die generelle Eignung von Zellkulturmodellen und die Frage in welchen Aspekten diese das Verhalten und die Charakteristika von Tumoren korrekt reflektieren soll Gegenstand weiterer Untersuchungen sein.