Die Ganzgenomsequenzierung mittels Illumina platform (San Diego, USA) als Goldstandard
wird in Deutschland noch recht selten zur routinemäßigen Ausbruchsanalyse eingesetzt,
da neben den erforderlichen Geräten zur Analyse meist auch kein Bioinformatiker zur
Aufarbeitung der Daten zur Verfügung steht. Die Studie um Lee et al. beschreibt den
Einsatz der Analysetechnik in Kombination mit AMRfinder – einem Werkzeug, das die
Suche nach Resistenzgenen, einschließlich erworbener Gene und Punktmutationen auf
Protein- und Nukleotidsequenzebene in einer extensiven Datenbank ermöglicht. Das Werkzeug
kann so ohne umfangreiche Programmierkenntnisse zur Auswertung der Ergebnisse einer
Ganzgenom-Sequenzierung eingesetzt werden.
